La Universidad Nacional del Altiplano desde 1983 y a través del Centro de Desarrollo Rural (CDR), inicia las gestiones para la implementación de una Escuela de Post Grado, como un medio de promoción y formación de especialistas de alto nivel en la región andina; institucionalizándose el 7 de abril de 1983 con la dación de la Resolución Rectoral Nro. 449-83-R-UNTA; posteriormente ratifica mediante Resolución 4494-84-CONAI, que aprueba la creación del Programa Académico de Post Grado en la Universidad Nacional del Altiplano con las especialidades de Desarrollo Rural, Cultivos Andinos y Ganadería Andina. Posteriormente en 1985 inicio sus actividades académicas la especialidad de Lingüística Andina y Educación; gracias al apoyo técnico y financiero brindado por el Proyecto Experimental de Educación Bilingüe de Puno, en el marco del Convenio Perú-República Federal de Alemania.
Desde la fecha de creación, hasta el momento actual, la Escuela de Postgrado tiene en funcionamiento 17 programas de maestría: Desarrollo Rural, Lingüística Andina y Educación, Agricultura Andina, Ganadería Andina, Contabilidad y Administración, Economía, Extracción de Metales Estratégicos, Derecho, Ingeniería Química, Informática, Salud Pública, Ciencias Sociales, Educación, Ingeniería Agrícola, Ecología, Tecnologías de protección ambiental, Trabajo Social, Geotécnia y Geomecánica Minera y recientemente se han creado las maestrías en Ciencias de la Nutricion y Ciencias de la Ingeniería Mecánica Eléctrica.
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